《红色警戒3》故事将围绕虚构的“第三次世界大战”，俄罗斯以及日本等国研制出了新型的战斗武器：重型移动装甲、铁甲熊、智能海豚、移动岛屿要塞、变形坦克等全新的战斗单位将加入这次壮阔的战斗。

　　世界的自由国家即将取得了胜利。在危急关头，苏联领导人决定采取最后手段：使用他们那台正在试验阶段的时光机回到过去并处理掉那位让盟军拥有先进科技的科学家：亚伯特.爱因斯坦。可是，苏联的行动造成了一个新的国家崛起：升阳帝国。帝国在没有任何预警下发动攻击，但幸运的是，我们并非不知道他们的存在，并带回了胜利。