本作是以大人气动漫作品《新世纪福音战士》为题材制作的冒险游戏，以原作TV版中第17话到第24话（1995年10月～1996年3月）、1998年春季的剧场版故事为基础，将其间各种角色融合在一起构筑的一段全新的故事。本作尤其强调心理的描写，玩家将扮演冷静的谍报部职员通过调查发生的各起事件，与葛城美里、等诸位人气角色之间展开心理战，而随着交流的不断深入，主人公的心理也会发现变化。