Separate Hearts》故事背景叙述天台高中的学生 星川 纯一，在驾驶摩托车时遭遇车祸，虽然身体并无大碍，却因为头部遭受撞击而失去记忆，在好友 镜见透 的协助下，连方向也忘记的纯一，才得以重返校园生活。

    然而，教室里一个无人的座位，却不住吸引著纯一的注意，藉由镜见透之口，纯一才得知座位的主人，是名叫 日向光 的少女，但从纯一发生事故后也忽然失踪，自此失去了音讯。

    虽然光是纯一交往中的女友，但是纯一无论如何都想不起任何和光有关的一切，却偏偏在日常周遭每个密切来往的女孩身上，又都会感受到“光”的影子。纯一所感受到的影子是什么？日向光失踪的原因何在？全部的解答都存在于记忆的彼端……。