本作在PS2版的三种难度基础上增加到5种;PS2版中玩家只能通过男主人公的视点进行故事，而在《女神异闻录3?携带版》则追加女主人公视点，让玩家通过不同的角度了解《女神异闻录3的故事》;游戏画面进行简易化，场景移动均采用选项进行，而人物对话亦采用类似文字冒险游戏的半身立绘+背景图的对话方式。在战斗方面，玩家这一次可以对同伴进行直接的战斗指示，而不在只交由AI进行控制了。

　　主角转校至月光馆学园，造访学生宿舍的当晚便有了一场奇妙的经历。路灯消失的街道，停止运转的机械，矗立在路上的棺材。以及与陌生的少年订下的谜之契约。

　　隐藏在两天之间的“影时间”，和在其中现身袭击人们的“暗影”。

　　而主角也即将面对自己被赋予的命运——。