作为系列中屈指可数的名作、传奇RPG《真·女神转生Ⅲ NOCTURNE》，就此复活。东京灭亡了，而我诞生了。200X年，东京。主角是就读于都内高中的普通少年。这天，原本应该也是平凡的一天。然而，突然被卷入巨大异变“东京受胎”之中，日本的首都转变成“恶魔”居住的异界。在独自醒来之时，少年的身体也作为恶魔迎来新生。少年在已经彻底变样的“东京”中，以完全改变的身体投入战斗、踏上旅程，并和过去的友人们一起，谱写关于“新世界创造”的选择和纠葛的故事。